无菌水通过自动流量阀进入板式热换器，在进入脱气塔之前，无菌水经过板式热换器的热回收预加热至72℃，用户所要求的进入无菌水的流量在进入板式热换器前通过控制柜设定并且自动控制，水在脱气塔的顶部进行分流，按照与置换气体逆向流动的要求从上往下流，置换气体从气塔的底部喷射进塔内，被脱出的空气（主要是氧气）通过脱气塔顶部的排气排向大气，脱氧后的无菌水从脱气塔底部通过泵送至板式换热器的冷却并达到所要求的温度，为了保证泵不至于吸空，在脱气塔的底部设有液位控制以保持脱气塔底部具有一定的液位，最终的脱氧水的碳酸化是通过将二氧化碳喷射进冷却段脱氧水的进口实现的，最终的成品脱氧水通过换向阀被泵送到脱氧水储罐。